Keď pominuli časy pohanstva, keď kresťanstvo prestalo byť prenasledované a bolo uznané za svetové náboženstvo, zdalo by sa, že všetky rozdiely by sa mali vyriešiť. Niekedy však len ekumenické koncily mohli vyriešiť vznikajúce konflikty, vyvrátiť heretické učenia – mier nebol ani v Cirkvi.
Prvým ekumenickým koncilom bol Nicejský koncil, zvolaný v roku 325. Dôvodom bolo rozšírené učenie alexandrijského presbytera Aria. Jeho podstatou bolo popieranie identity medzi Bohom Otcom a Bohom Synom. Tvrdil, že Ježiša Krista stvoril Pán, ale nie je jeho inkarnáciou. Takáto predstava zásadne vyvracala všetky dogmy kresťanstva, a preto bolo pôvodne učenie Ariusa Miestnou radou odmietnuté. Hrdý presbyter však odmietol uznať rozhodnutie koncilu ako legitímne a naďalej si získaval veriacich.
Vtedy cisár Konštantín pozval biskupov z celého sveta na ekumenický koncil do malého mesta Nicaea (teraz nazývaného Iznik a nachádza sa na území moderného Turecka). Niektorí z prítomných predstaviteľov Cirkvi mali na tele stopy mučenia,prijaté v mene pravého kresťanstva. Prítomní boli aj biskupi podporujúci Ariusa.
Debata trvala viac ako dva mesiace. Počas tejto doby prebehlo veľa diskusií, prejavov filozofov, objasňovania teologických formulácií. Ako hovorí legenda, prejavom božského zázraku sa skončili hádky. Ako jednotu troch princípov uviedol príklad hlineného črepu: voda, oheň, hlina tvoria jeden celok. Podobne aj Svätá Trojica je v podstate jeden Boh. Po jeho prejave sa z črepu objavil oheň, objavila sa voda a vytvorila sa hlina. Po takomto zázraku Nicejský koncil napokon odmietol falošné učenie Aria, vylúčil ho z Cirkvi, schválil Vyznanie viery a ustanovil 20 pravidiel cirkevnej disciplíny, určil dátum slávenia Veľkej noci.
Týmto cirkevným koncilom sa však táto otázka neskončila. Kontroverzia pokračovala veľmi dlho. Dokonca aj teraz sú ich ozveny stále počuť - arianizmus tvoril základ učenia Jehovových svedkov.
Okrem koncilu z roku 325 sa konal aj Druhý nicejský koncil, ktorý zvolala cisárovná Irene z Konštantínopolu v roku 787. Jeho účelom bolo zrušiť vtedy existujúci ikonoklasmus. V skutočnosti sa cisárovná dvakrát pokúsila zvolať ekumenický koncil. V roku 786 však stráže podporujúce ikonoklastov vtrhli do Chrámu svätých apoštolov v Konštantínopole, kde koncil začal pracovať. Svätí otcovia sa museli rozísť.
Potom, čo sa Irina uchýlila k značným trikom, rozpustila starú gardu, naverbovala nové jednotky, zvolala katedrálu v r.787, ale premiestnil ho z Konštantínopolu do Nicaea. Jeho práca trvala mesiac, po jej výsledkoch bola úcta ikon obnovená, boli povolené v kostoloch.
Ani tento Nicejský koncil však nedokázal úplne dosiahnuť svoj cieľ. Obrazoborectvo naďalej existovalo. Ikonoborecké hnutie bolo nakoniec porazené až v roku 843 na Konštantínopolskom koncile.